價格不同，性能不同，環保性不同，看環保，聚氨酯防水涂料具有有害物質，施工時會揮發出較濃的異味，同時油性防水涂料不溶于水，要用化學液體溶解，也是造成其不環保的原因。
相比，水性的聚合物水泥基防水涂料則不會有這種危害，其性質與水泥接近，環保無毒。
1、分散的介質區別
水性的聚氨酯防水涂料，是使用水來替代有機溶劑，成為分散的介質。而油性的聚氨酯防水涂料，是使用異氰酸酯、聚醚等其它的有機溶液，來成為分散介質。
2、用途上的區別
水性聚氨酯防水涂料，一般是使用在動水地層、土質層、及表層的鞏固，和防護作用，可帶來不錯的效果。而油性聚氨酯防水涂料，通常是用在地基的加工，防護林的水堵工作中。
3、固結體彈性的區別
水性聚氨酯防水涂料，具有的固結體彈性是比較好的，因而可在混凝土動縫進行防滲堵漏的功能。而油性聚氨酯防水涂料，含有的固結性彈性是比較小的，因而被用在混凝土的靜縫中，起到防滲堵漏和加固的功能。
