屋頂因為要長期接受日曬雨淋的侵蝕，而使防水層不容易開裂，這樣就不會問題了，這樣就算是需要種花種草那么防水層也不會被植物根系破壞。
所以建議先涂刷K11防水漿料柔韌型然后再做一個砂漿防水劑的保護層，所以對防水的要求較高，既要有柔韌性可以抵擋一定的結構拉伸變形。
方法一：隔根層，一般選用HDPE防滲隔根膜或改性瀝青耐根穿刺防水卷材，兼具阻根和防水功能，熱熔施工。
方法二：屋頂花園施工步驟如下：
1、應先在屋面鋪設1-2道耐水、耐腐蝕、耐霉爛的卷材（瀝青防水卷材，合成高分子防水材料等）或涂料（如聚氨酯防水材料）作柔性防水層。
2、其上再鋪一道具有足夠耐根系穿透功能的聚乙烯土工膜、聚氯乙烯卷材，聚烯烴卷材等作耐根系穿刺防水層。
（阻根和防水效果兼有）
3、防水層施工完成后，應進行24小時蓄水檢驗，經檢驗無滲漏后，在其上再鋪設排水層，排水層可用塑料排水板、橡膠排水板、PVC排水管、陶粒、綠保石（粒徑3~6厘米，或粒徑為2-4厘米，厚度為8厘米以上的卵石）。
4、排水層上放置隔離層，其目的是將種植層中因下雨或澆水后多余的水及時通過過濾后排出去，以防植物爛根，同時也可將種植層介質保留下來，以免流失。
隔離層可采用重量不低于250克/平方米聚酯纖維土工布或無紡布。
5、最后，在隔離上鋪置種植層。種植層的土壤必須具有容量小、重量輕、疏松透氣、保水保肥、適宜植物生長和清潔環保等性能。最好采用人工土壤。
